Nasceu a 7 de março de 1877 em Santo Tirso. Era filho de Fernando Pires de Lima e de Clementina Rosas de Castro e irmão de Augusto, António Augusto e Américo Pires de Lima.
Fez os estudos primários em Areias, Santo Tirso, e os liceais em Braga e no Porto. Prosseguiu a sua formação na Academia Politécnica do Porto e, depois, na Escola Médico-Cirúrgica do Porto, onde concluiu o curso de Medicina com a defesa da dissertação inaugural - "Estudos sobre a conjunctivite granulosa", a 14 de julho de 1903.
Em 1904 foi nomeado chefe de Clínica Cirúrgica pelo decreto de 18 de fevereiro. Passados dois anos tomou posse como lente substituto da secção médica da EMCP (a 7 de abril de 1906), nomeado pelo decreto de 29 de março. Tinha apresentado a concurso a dissertação A Medicina forense em Portugal. Esboço histórico.
No ano seguinte, por força do decreto de 22 de fevereiro de 1907, foi transferido para a secção cirúrgica, ficando proprietário da 15.ª cadeira - Anatomia Topográfica. Foi, também, nomeado bibliotecário da FMUP, funções que exerceu durante 40 anos.
Em 1911, assumiu funções como professor extraordinário, com categoria de ordinário, da 1.ª classe – Anatomia (decreto de 22 de fevereiro), na recém-criada Faculdade de Medicina da Universidade do Porto. Regeu Anatomia Topográfica entre 1911 e 31 de julho de 1918 e, a partir desta data, foi regente da cadeira de Anatomia Descritiva. Jubilou-se em 1947, ao atingir o limite de idade.
Joaquim Pires de Lima criou (1920) e dirigiu o Instituto de Anatomia da Faculdade de Medicina da Universidade do Porto. Presidiu à Associação Médica Lusitana e à Delegação do Porto da Junta da Educação Nacional. Dirigiu a Repartição de Antropologia Criminal, Psicologia Experimental e de Identificação Civil do Porto (1928) e o Laboratório de Anatomia Descritiva (1929) e foi o 1.º secretário da Sociedade de Medicina e Cirurgia do Porto.
Era especialista em Teratologia. Colaborou em várias publicações periódicas, nomeadamente no "Porto Médico" e n’ "O Comércio do Porto" e escreveu trabalhos nas áreas da História e da História da Medicina, da Literatura, da Etnografia e da Antropologia das ex-colónias portuguesas. Alguns destes trabalhos foram escritos em colaboração com o seu filho Fernando.
Participou em congressos e reuniões científicas, em Portugal e no estrangeiro, e, em 1932, fez uma viagem a França, Bélgica e Alemanha, financiada pela Junta de Educação Nacional.
Foi distinguido com o título de grande oficial da Ordem de Santiago (1932) e ainda com o grande oficialato da Ordem da Instrução e com a medalha de Ouro da Câmara Municipal do Porto (1947).
Foi casado com Maria Henriqueta Pires de Lima. Teve uma filha - Maria Clementina – e um filho - Fernando de Castro Pires de Lima.
Morreu a 23 de dezembro de 1951, no número 348 da rua Álvares Cabral.
Deixou livros à Biblioteca da Faculdade de Medicina e a sua coleção de medalhas e insígnias de congressos ao Museu de História da Medicina Maximiano Lemos.
(Universidade Digital / Gestão de Informação, 2014)
in Antigos Estudantes Ilustres da Universidade do Porto
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